Nos termos dos Estatutos, o OBSERVATÓRIO TRANSPARÊNCIA STP rege-se pelos seguintes órgãos e funções:

ASSEMBLEIA GERAL (órgão deliberativo): A Assembleia Geral é o órgão máximo do OBSERVATÓRIO, soberana em suas decisões, dela participando os associados no gozo de seus direitos.
CONSELHO DE MODERAÇÃO E COORDENAÇÃO (órgão executivo): O Conselho de Moderação e Coordenação é o órgão deliberativo e executivo do OBSERVATÓRIO, composto pelos membros moderadores e coordenadores das comissões de trabalho.
COMISSÕES DE TRABALHO (órgão executivo): As Comissões de Trabalho se referem às áreas temáticas, a partir das quais são realizadas as análises, observações e elaboração das comunicações, manifestos e relatórios do OBSERVATÓRIO.
RELATORES (órgão executivo): São considerados Conselheiros Relatores todos os membros executivos do OBSERVATÓRIO, aos quais compete produzir relatórios, actas, recomendações ou conclusões sobre o assunto sobre a sua tutela.
EDITORES (órgão executivo): São Editores os membros designados para proceder a revisão e edição de todos os documentos submetidos pelas comissões de trabalho.
COMUNICADORES (órgão executivo): São Comunicadores todos os conselheiros indigitados para proceder à divulgação dos conteúdos ou actuar como porta-voz das comunicações do OBSERVATÓRIO, após indicação do Conselho de Moderação e Coordenação.
OBSERVADORES (associados): São considerados Observadores todos os associados inscritos no OBSERVATÓRIO, sem prejuízo da eventual designação ou eleição para outros órgãos ou funções, nos termos dos estatutos.
PONTOS FOCAIS (parceiros): Os Pontos Focais são individualidades que colaboram com o OBSERVATÓRIO a partir das instituições públicas ou privadas, nacionais e internacionais, onde participam de maneira directa na gestão dos assuntos ou matérias de interesse para a colectividade, nomeadamente nas áreas de saúde social, jurídico-legal, económica ou financeira.